Michel Aebischer del Bologna è sceso in campo nella maggior parte delle gare del suo club in Serie A nel 2023/2024, avendo collezionato 36 presenze, per un totale di 2233 minuti. É partito titolare in 26 di queste presenze, su 38 giornate, ed è entrato a gara in corso 10 volte.
L'ultima partita di Aebischer nella competizione risale al 20 maggio, gara in cui ha giocato 90 minuti con la maglia del Bologna contro la Juventus, nel pareggio per 3-3. In totale il centrocampista ha offerto 1 assist in questo campionato. Ha ricevuto 8 cartellini gialli.
Nell'ultima stagione con il Bologna in Serie A Aebischer ha collezionato 32 presenze, gare in cui ha segnato 1 gol.
A gennaio 2022 il Bologna ha acquisito in prestito Aebischer, al tempo giocatore del Young Boys, squadra per cui ha collezionato in totale 133 presenze in campionato, realizzando 12 gol e fornendo 21 assist. Ha siglato il suo trasferimento definitivo come giocatore del Bologna a luglio 2022.
Il 6 febbraio 2022 Aebischer ha debuttato in Serie A, a 25 anni e 31 giorni contro l'Empoli. In generale in Serie A, ha collezionato 80 partite, con 1 gol e 1 assist.