Bekim Balaj Sturm Graz ha giocato la maggior parte delle partite del suo club in Bundesliga nel 2020/2021, avendo collezionato 29 presenze, per un totale di 700 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in 4 di queste presenze, su 32 giornate, ed è stato frequentemente utilizzato da subentrato, essendo entrato a gara in corso in 25 occasioni.
La sua ultima partita in Bundesliga risale al 22 maggio, partita in cui ha giocato 19 minuti con la maglia Sturm Graz contro Wolfsberger AC, nella vittoria per 3-1. In totale l'attaccante ha segnato 3 gol nel 2020/2021; ha inoltre offerto 1 assist. Ha ricevuto 1 cartellino rosso.
É stato contro St. Pölten il 19 dicembre che Balaj ha segnato il suo ultimo gol, nella vittoria per 3-0. Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro Swarovski Tirol il 28 novembre, avendo realizzato una rete nella vittoria per 1-0.
Balaj ha giocato 28 partite di Bundesliga nell'ultima stagione con Sturm Graz, gare in cui ha segnato 6 gol e fornito 2 passaggi vincenti.
L'attaccante ha iniziato la sua esperienza con Sturm Graz nel luglio 2019, mentre prima giocava con Akhmat Grozny, con cui ha collezionato 61 presenze in campionato, con 12 gol segnati.