Il centrocampista Asteras Tripolis Borja Fernández non ha giocato nella maggior parte delle partite della sua squadra in Super League 1 nel 2020/2021, avendo collezionato 13 presenze, per un totale di 304 minuti. É partito titolare in 3 partite su 36 giornate ed è stato soprattutto utilizzato come subentrato, in 10 occasioni.
Fernández ha giocato la sua ultima partita il 21 marzo, con Asteras Tripolis: un pareggio per 2-2 contro Panathinaikos, in cui ha giocato solamente 5 minuti. In totale il centrocampista ha registrato 1 assist in questo campionato.
Nell'ultima stagione con Asteras Tripolis in Super League 1 Fernández ha collezionato 27 presenze, fornendo 2 passaggi vincenti.
Prima di arrivare a vestire la maglia Asteras Tripolis nel luglio 2019, Fernández ha collezionato 30 presenze in campionato con Miedź Legnica, per un totale di 1 assist.