Fernando Alarcón del Instituto è sceso in campo nella maggior parte delle gare della sua squadra in Liga Profesional Argentina nel 2025, avendo collezionato 31 presenze, per un totale di 2784 minuti. É partito titolare in tutte le 31 presenze, su 33 giornate.
L'ultima presenza di Alarcón risale al 16 novembre, nel pareggio per 0-0 contro il Talleres, in cui ha giocato 90 minuti. In questa stagione il difensore ha offerto 1 assist. Ha ricevuto 9 cartellini gialli, oltre a essere stato espulso 1 volta.
Alarcón ha giocato 35 partite di Liga Profesional Argentina nell'ultima stagione con Instituto, gare in cui ha realizzato 2 gol.
Prima di arrivare a vestire la maglia del Instituto nel gennaio 2022, Alarcón ha collezionato 30 presenze in campionato con Tigre.