Jonathan Perlaza, centrocampista del Querétaro, è sceso in campo nella maggior parte delle gare della sua squadra in Liga MX nel 2025/2026, avendo collezionato 13 presenze, per un totale di 721 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in 7 di queste presenze, su 17 giornate, ed è entrato a gara in corso 6 volte.
Il centrocampista ha giocato la sua ultima gara il 26 ottobre, con il Querétaro FC: una sconfitta per 3-1 contro il Club Santos Laguna, in cui ha giocato 90 minuti. In totale il centrocampista ha realizzato 1 rete nel 2025/2026; ha inoltre registrato 1 assist.
Il suo primo gol nel campionato è arrivato in una sconfitta 3-1 contro il Club Necaxa il 18 luglio.
Nella passata stagione di Liga MX Perlaza ha giocato 14 partite con il Querétaro FC.
Prima di arrivare a vestire la maglia del Querétaro nel giugno 2024, il centrocampista ha collezionato 54 presenze in campionato con Guayaquil City, per un totale di 5 gol e 6 assist.