Jhon Córdoba del Instituto ha giocato 10 gare di Liga Profesional Argentina nel 2025 dopo aver raggiunto il club il 7 luglio 2025, essendo stato scelto nell'11 titolare in 5 di queste ed essendo stato utilizzato a partita in corso 5 volte.
Il centrocampista ha collezionato la sua ultima presenza il 16 novembre, con Instituto: un pareggio per 0-0 contro il Talleres, in cui ha giocato 70 minuti. In totale il centrocampista ha segnato 2 gol nel 2025 - terzo a pari merito tra i giocatori del suo club.
É stato contro il Rosario Central il 31 ottobre che Córdoba ha segnato il suo ultimo gol, nella sconfitta per 3-1. Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro l'Atlético Tucumán il 12 ottobre, avendo realizzato una rete nella vittoria per 2-0.
Córdoba ha giocato 51 partite di Primera A nell'ultima stagione con Atlético Bucaramanga (26) e Millonarios (25), gare in cui ha segnato 9 gol e fornito 6 assist vincenti.
Il centrocampista ha iniziato la sua esperienza in prestito con Instituto nel luglio 2025. In precedenza giocava per Millonarios, per cui ha collezionato 45 presenze in campionato, con 7 gol e 5 assist, mentre prima giocava per Atlético Bucaramanga.