Fran Pérez è un centrocampista del Valencia che ha giocato la maggior parte delle gare del suo club in LaLiga nel 2023/2024, avendo collezionato 32 presenze, per un totale di 2069 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in 27 di queste presenze, su 34 giornate, ed è entrato a gara in corso 5 volte.
La sua ultima presenza nella competizione risale al 20 aprile, partita in cui ha giocato 45 minuti con la maglia del Valencia contro il Real Betis, nella sconfitta per 2-1. In totale il centrocampista ha segnato 1 rete in questa stagione; ha inoltre registrato 4 assist. Ha ricevuto 4 cartellini gialli.
Il suo primo gol nel campionato è arrivato in un pareggio 2-2 contro l'Athletic Bilbao il 29 ottobre.
Il Valencia è attualmente all'8° posto nella classifica stagionale, con 47 punti, e nella prossima partita di LaLiga, il 12 maggio, dovrà giocare una gara casalinga contro il Rayo Vallecano.
Nell'ultima stagione con il Valencia in Primera División Pérez ha collezionato 7 presenze.
Prima di arrivare a vestire la maglia del Valencia nell'agosto 2021, Pérez ha collezionato 65 presenze in campionato con Valencia II, per un totale di 16 gol.
Il 29 agosto 2022 Pérez ha debuttato in LaLiga, a 19 anni e 354 giorni contro l'Atletico Madrid. In totale, nella sua carriera in LaLiga, ha collezionato 39 partite, con 1 gol e 4 assist.