Jan Schöppner del Heidenheim ha giocato la maggior parte delle partite del suo club in Bundesliga nel 2023/2024, avendo collezionato 26 presenze, per un totale di 2002 minuti. É partito titolare in 23 di queste presenze, su 34 giornate, ed è entrato a gara in corso 3 volte.
Il centrocampista ha giocato la sua ultima partita il 18 maggio, con l'Heidenheim: una vittoria per 4-1 contro il Colonia, in cui ha giocato 87 minuti. In totale il centrocampista ha realizzato 2 reti in questa stagione; ha inoltre fornito 2 assist.
Il suo ultimo gol nella competizione è arrivato nella vittoria per 3-2 contro il Darmstadt, il 9 dicembre. Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro lo Stoccarda il 5 novembre, con una rete nella vittoria per 2-0.
Schöppner ha giocato 27 partite di 2. Bundesliga nell'ultima stagione con l'Heidenheim, realizzando 1 gol e fornendo 1 passaggio vincente.
Il 26 agosto 2023 Schöppner ha debuttato in Bundesliga, all'età di 24 anni e 75 giorni contro l'Hoffenheim. Finora in Bundesliga, ha collezionato 26 partite, con 2 gol e 2 assist.