Jannis Heuer del Paderborn è sceso in campo nella maggior parte delle gare del club in 2. Bundesliga nel 2023/2024, avendo collezionato 18 presenze, per un totale di 781 minuti. É partito titolare in 7 presenze su 34 giornate ed è stato utilizzato frequentemente come subentrato, in 11 occasioni.
Il difensore ha collezionato la sua ultima presenza il 19 maggio, con il Paderborn: una vittoria per 2-1 contro Hansa Rostock, in cui ha giocato 49 minuti. In totale il difensore ha segnato 1 rete nel 2023/2024. Ha ricevuto 5 cartellini gialli.
Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro il VfL Osnabrück il 4 agosto, avendo segnato nel pareggio 1-1.
Heuer ha giocato 26 partite di 2. Bundesliga nell'ultima stagione con il Paderborn, gare in cui ha realizzato 3 gol e fornito 1 assist vincente.
Il difensore è passato a giocare con il Paderborn nel novembre 2023, mentre prima giocava con Wolfsburg II, con cui ha collezionato 24 presenze in campionato, con 5 gol segnati.
Il 24 luglio 2021 Heuer ha debuttato in 2. Bundesliga, a 21 anni e -5 giorni contro l'Heidenheim. Finora in 2. Bundesliga, ha collezionato 63 partite, con 5 gol e 1 assist.