Jhon Murillo del Atlas ha giocato 35 gare in Liga MX in questa stagione, con 14 di queste che sono state per la sua squadra attuale. Ha giocato anche per l'Atlético San Luis durante la stagione 2023/2024.
Il centrocampista ha collezionato la sua ultima presenza il 28 aprile, con il CF Atlas Guadalajara: una sconfitta per 1-0 contro il Chivas, in cui ha giocato 69 minuti. In totale il centrocampista ha segnato 2 gol in questa stagione; ha inoltre registrato 3 assist. Ha ricevuto 5 cartellini gialli.
É stato contro il Querétaro FC il 31 marzo che Murillo ha segnato il suo ultimo gol, nella sconfitta per 3-2. Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro il León il 24 agosto, avendo realizzato una rete nella vittoria per 3-0.
Nella passata stagione di Liga MX Murillo è sceso in campo in 36 partite con l'Atlético San Luis, gare in cui ha realizzato 2 gol e fornito 2 assist vincenti.
Murillo è passato a giocare in prestito con il CF Atlas Guadalajara nel gennaio 2024. In precedenza giocava per l'Atlético San Luis, per cui ha collezionato 76 presenze in campionato, con 7 gol e 7 assist, dopo aver raggiunto il club nel gennaio 2022, mentre prima giocava per il Tondela.