Nathan Silva del Pumas UNAM è sceso in campo nella maggior parte delle gare del suo club in Liga MX nel 2025/2026, avendo collezionato 40 presenze, per un totale di 3534 minuti. É partito titolare in tutte le 40 presenze, su 41 giornate.
L'ultima presenza di Silva in campionato è stata il 24 maggio, gara in cui ha giocato 90 minuti con la maglia del Pumas UNAM contro il Cruz Azul, nella sconfitta per 2-1. In totale il difensore ha realizzato 1 gol in questa stagione; ha inoltre registrato 1 assist. Ha ricevuto 7 cartellini gialli, oltre a essere stato espulso 1 volta.
Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro il Club América il 10 maggio, avendo segnato nel pareggio 3-3.
Nell'ultima stagione con il Pumas UNAM in Liga MX Silva ha collezionato 32 presenze, realizzando 2 gol.
Prima di cominciare l'esperienza con il Pumas UNAM nel giugno 2023, il difensore ha collezionato 70 presenze in campionato con l'Atlético Mineiro, per un totale di 3 gol e 1 assist.