Rafael Fernández del Tijuana ha giocato la maggior parte delle partite della sua squadra in Liga MX nel 2025/2026, avendo collezionato 31 presenze, per un totale di 2717 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in tutte le 31 presenze, su 34 giornate.
Fernández ha collezionato la sua ultima presenza il 10 aprile, con il Tijuana: una vittoria per 2-1 contro il Fútbol Club Juárez, in cui ha giocato 90 minuti. In totale il difensore ha segnato 1 gol nel 2025/2026; ha inoltre offerto 3 assist. Ha ricevuto 7 cartellini gialli.
Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro il León il 19 settembre, avendo segnato nella vittoria per 5-0.
La prossima gara per il Tijuana sarà una trasferta contro il Cruz Azul, il 18 aprile.
Nell'ultima stagione con il Tijuana in Liga MX Fernández ha collezionato 29 presenze.
Prima di arrivare a vestire la maglia del Tijuana nel giugno 2023, Fernández ha collezionato 18 presenze in campionato con il Querétaro FC, per un totale di 1 gol.