Rafael è un portiere del São Paulo che è sceso in campo nella maggior parte delle gare del suo club in Serie A nel 2025, avendo collezionato 35 presenze, per un totale di 3150 minuti. É partito titolare in tutte le 35 presenze, su 38 giornate.
Il portiere ha giocato la sua ultima gara il 7 dicembre, con il San Paolo: una sconfitta per 1-0 contro Vitória, in cui ha giocato 90 minuti. Ha collezionato 11 clean sheet in questo campionato, piazzandosi così quinto tra i portieri di Serie A.
Nell'ultima stagione con il San Paolo Rafael ha collezionato 36 presenze di Serie A e Paulista A1, gare in cui ha mantenuto 9 volte la porta inviolata.
Rafael è passato a giocare con il San Paolo nel dicembre 2022, mentre prima giocava con l'Atlético Mineiro, con cui ha collezionato 29 presenze in campionato.