Moussa Niakhaté è un difensore del Lione che ha giocato la maggior parte delle gare del suo club in Ligue 1 nel 2025/2026, avendo collezionato 26 presenze, per un totale di 2217 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in 24 di queste presenze, su 28 giornate, ed è entrato a gara in corso 2 volte.
La sua ultima partita in Ligue 1 è stata il 5 aprile, partita in cui ha giocato 90 minuti con la maglia del Lione contro l'Angers, nel pareggio per 0-0. In questo campionato il difensore ha offerto 2 assist.
Nella prossima partita di Ligue 1, il 12 aprile, il Lione dovrà giocare una gara casalinga contro il Lorient.
Nella passata stagione di Ligue 1 Niakhaté ha giocato 31 partite con il Lione.
Prima di cominciare l'esperienza con il Lione nel luglio 2024, Niakhaté ha collezionato 35 presenze in campionato con il Nottingham Forest, per un totale di 1 gol.
Niakhaté ha esordito in campionato con il Metz il 12 agosto 2017, giocando 45 minuti, da subentrato, contro il Bordeaux a 21 anni e 157 giorni. La prima presenza con il suo club attuale, il Lione, in Ligue 1 è stata nella sfida contro il Rennes il 18 agosto 2024.
In totale, nella sua carriera in Ligue 1, ha giocato 92 gare con un gol segnato con 3 assist per i compagni.