Filip Novák Fenerbahçe non ha giocato nella maggior parte delle gare della sua squadra in Süper Lig nel 2020/2021, avendo collezionato 18 presenze, per un totale di 852 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in 9 partite su 40 giornate ed è stato soprattutto utilizzato come subentrato, in 9 occasioni.
L'ultima partita di Novák in campionato è stata il 3 maggio, gara in cui ha giocato 28 minuti con la maglia Fenerbahçe contro BB Erzurumspor, nella vittoria per 3-1. In totale il difensore ha realizzato 1 gol nel 2020/2021.
Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro Gençlerbirliği il 14 marzo, avendo realizzato nella sconfitta per 2-1.
Nella passata stagione di Süper Lig Novák è sceso in campo in 30 partite con Trabzonspor, realizzando 7 gol.
Il difensore è passato tra le fila Fenerbahçe nell'agosto 2020, mentre prima giocava con Trabzonspor, con cui ha collezionato 74 presenze in campionato, con 15 gol e 2 assist.