Markus Schubert è un portiere del Paderborn che non ha ancora preso parte a nessuna delle 23 gare che la sua compagine ha disputato finora in 2. Bundesliga nel 2025/2026.
L'ultima partita di Schubert in 2. Bundesliga è stata il 22 febbraio 2025, gara in cui ha giocato 90 minuti con la maglia del Paderborn contro l'Hannover, nel pareggio per 1-1.
Nella prossima partita di 2. Bundesliga, il 28 febbraio, il Paderborn dovrà giocare una trasferta contro Kaiserslautern.
Nell'ultima stagione con il Paderborn in 2. Bundesliga Schubert ha collezionato 12 presenze, gare in cui ha mantenuto 3 volte la porta inviolata.
Prima di cominciare l'esperienza con il Paderborn nel luglio 2024, Schubert ha collezionato 21 presenze in campionato con il Vitesse.
Ha fatto il suo esordio in 2. Bundesliga il 25 gennaio 2018 giocando con Dynamo Dresden nella gara contro il St. Pauli, all'età di 19 anni e 227 giorni, e ha fatto 52 presenze, avendo ottenuto finora 14 clean sheet nella competizione. Ha debuttato in 2. Bundesliga con il suo club attuale, il Paderborn, nella partita con il Colonia il 25 ottobre 2024.